A Waldorf-iskolák tantervének teljes felépítése mélységesen ökológiai jellegű. Az egésztől a részek felé haladó tanítási módszer maga is megerősíti ezt, és bátorítja a gyermekeket, hogy fejlődésük során megtartsák a legszélesebb rálátást a tanulmányaikban.
A különböző osztályokban biológiából felvetett témák szervesen beleillenek az egész iskolán végigvezető tantervbe, tudat alatt táplálva az egészen belüli egységérzetet.
1-3. évfolyam
Az ezen osztályokat átható hangulat magában hordozza a biológiához tartozó összes témát. A gyermekek fejlődésének e szakaszai során kiválasztott történetek tükrözik a kisgyermekek és az élővilág folyamatosan változó kapcsolatát.
Az 1. és a 2. osztályban a történetek az átváltozás témakörével foglalkoznak, a béka királyfivá változik, a nádszálból előpattan a királykisasszony. Ezek a történetek lehetővé teszik, hogy a gyermekek megértsék az állatok nyelvét, és megismerjenek más lényeket – manókat, tündéreket -, akik titkokat őriznek és életet védenek. Az ilyen fantáziaelemek nem szeszélyes hóbort szüleményei, ezek alapozzák meg az állatok és növények közötti viszony komplexitásaival és útvesztőivel az egészséges érzületű kapcsolatot. Sőt a bioszféra rejtett tulajdonságaihoz is – amiket később, a felső tagozatban, a világos gondolkodás segítségével tanulmányoznak – közelebb visznek.
A 3. osztályban a teremtés történetei teljességében ábrázolják a Föld, a növények, az állatok és az ember eredetét. Más történetek arról szólnak, hogy egyes személyek, vallásos emberek vagy szentek milyen különleges viszonyban vannak az állatvilággal (Szent Ferenc).
A mezőgazdasági epochában a gyermekek megismerik, miként dolgozik a paraszt a természet erőivel. A szántáson, a vetésen és a betakarításon túl még rengeteg feladat van: élő sövényeket telepíteni, kerítéseket állítani, bárányokat gondozni, víztől mentesíteni földterületeket és gyomtalanítani a terményt.
Mindezek bevezetőül szolgálnak az élővilág elkövetkező évekbeli tudatosabb tanulmányozásához, valamint annak tudatalatti megerősítéséhez, hogy a Földre tekintettel levő és az azt óvó ökológia etikai alapja: az emberek erkölcsi fejlődése.
4-8. évfolyam
A gyermek fejlődésében a kilencedik életév körül határozottan érzékelhető határvonal mutatkozik: a 4. osztálytól a gyermekek nagyobb távolságot érzékelnek saját maguk és más emberek, valamint a környező világ között. A képzelőerőt még mindig nagyon megmozgatja egy-egy történet, de annak tartalma már pontosabb leírást igényel. Az élővilág megfigyelése és leírása – amely kombinálja a pontos részleteket és a növény vagy állat karakterének érzékelését, valamint a környezetet, amelyben élnek – hidat képez a 6., 7. és 8. osztályhoz. Az 5. osztályban az egyedülálló jellegzetességekkel és jellemzőkkel rendelkező növény életszerű leírása, lefestése, és a hozzá kapcsolódó versek a gyermekeket saját élményeik által vezetik el a megfigyelés pontosságához.
A 6. osztályban az ásványtan, a 7. osztályban az egészség- és táplálkozástan témái, a 8. osztályban az emberi test tanulmányozása egyre inkább igénybe veszi a diákok saját megfigyeléseit. A hangsúly sokkal inkább az általuk tapasztalt jelenségen van, nem pedig a jelenkori tudomány legfrissebb elméletein. A kertépítés olyan tevékenység, amely kilép az osztályban található növények általános gondozásából: egy kis földdarabot művelnek meg, ahol virágok és zöldségnövények nevelhetők, komposzt készíthető, és a föld iránti felelősség gyakorlati úton felkelthető. Az összes biológia epochához hetenkénti szakórák kapcsolódhatnak végig a 8. osztályig.
9-12. évfolyam
A pubertás és a kamaszkor küszöbén megjelenő képességek lehetővé teszik egy új gondolkodásmód kialakulását.
A 9. és a 10. osztályban a hangsúly a biológián belül az emberi testen és annak folyamatain van, vagyis azon, ami a tudatosság, az egészség és a szaporodás fizikai alapjait biztosítja.
Ezen tanulmányokkal egyidejűleg a növényekkel és az állatokkal végzett gyakorlati munkának a terepgyakorlatokra is ki kell terjednie, ami a biológia-tantervnek közvetlen környezeti és ökológiai hangsúlyt ad.
A 11. és 12. osztály folyamán a kamaszok gondolkodási képessége megerősödött és megérett az eszmék mélyebb befogadására. A biológia-tanterv a növénytan és az állattan tanulmányozásával támogatja ezt, melynek során a fő szerepet az általánosan elfogadott sejtelmélet, a genetika és a darwinizmus kapja. Ez a hangsúlyozás visszaköszön a kémia és a fizika epochákban az atomelmélet, a fény hullám-, illetve részecsketermészetének tanulmányozása, és a csillagászat formájában. A tudományos elméletek történeti megközelítése és a technológia következtében elérhetnek a szemlélődés azon pontjára, ahol megláthatják: az egészséges tudomány fontos jellemzője, hogy új jelenségek felfedezésekor új elméletek keletkezhetnek, és ez a régiek eltűntét is hozhatja.
A Waldorf-iskolai biológia-tanterv el tudja vezetni a fiatalokat a jelenkori tudományos elméletek világos megértéséhez, az emberiséggel és a környezettel kapcsolatos témák, valamint a technológiai fejlődés következményeinek értékeléséhez, ami eleven, a jövő fejleményei iránt nyitott szellemi beállítottságot kölcsönöz nekik.
A 9-12. évfolyam során a tanítás átöleli a biológiát, ezen belül a környezettant is, a paleontológiát azonban a földrajz tárgyalja a geológián belül. Az a kívánalom, hogy a fiatalok számára megfelelő utakat a tanítás területeire vezessük, nemcsak a metodika, hanem a didaktika terén is megjelenik. A középiskolában ezen feladat jelentékeny következményei különösen a biológiában, az élet tudományában jelennek meg. A 9. és 10. osztályban újból a humánbiológia áll előtérben. Ezután a 11. osztálytól vizsgáljuk az emberen kívüli élővilág fokozatait a legegyszerűbb élőlényekkel kezdve.