A Waldorf-iskolák egységes iskolaként ellátják az általános iskola, a gimnázium és az alapfokú művészetoktatás feladatait. Az egységes iskola legalább nyolc és legfeljebb tizenhárom évfolyammal működhet.
A Waldorf-iskolák önigazgató intézmények, melyek szervezeti életük kialakítása során a Rudolf Steiner által megfogalmazott szociális elvek megvalósítására törekszenek. Egyszemélyi felelős vezetőként meghatározott jogkörű iskolaképviselőt neveznek meg.
A Waldorf-iskola két elkülöníthető elemre épül. Az egyik a tanterv, és hozzákapcsolódóan a fejlődő ember kutatása. A másik elem azokra az alapelvekre épül, melyeket Rudolf Steiner a szociális élet hármas tagozódásáról fogalmazott meg. A Waldorf-pedagógia legfontosabb célja a szociális megújhodás.
A hármas tagozódás a szociális élet fő területei, a gazdasági szféra, a jogi-politikai, valamint a kulturális-szellemi szféra közötti alapvető interakció és dinamika megértésének egy módja. Steiner úgy látta, hogy ez a három elsődleges terület kölcsönös egymásrautaltságban létezik együtt. Minden területnek megvan a maga működési elve.
A kulturális vagy szellemi életben a vezérelv a szabadság; a jog és politika világában az egyenlőség és az igazság; a gazdasági életben pedig a testvériesség elvének kell meghatározónak lennie. Ha ezen elvek mindegyike érvényesítésre kerül a megfelelő szférában, akkor jöhet létre egészséges szociális fejlődés. Ha ezek alkalmazása helytelenül történik, akkor ezek az elvek szociális egyenlőtlenséghez és konfliktusokhoz vezetnek. A korlátlan szabadság alkalmazása a gazdasági szférában kizsákmányolást és környezeti pusztítást eredményez. A szellemi vagy kulturális életre kényszerített egyenlőség az individualitás tagadásához, uniformalitáshoz, a kulturális életen belül pedig érdektelenséghez vezet. Ahol a politikai vagy intézményi szférából hiányzik vagy meggyengül az igazság és egyenlőség elve, az emberi jogok tiszteletének hiánya a legkülönbözőbb elnyomásfajtákhoz vezethet.
A hármas tagozódás elvei tükröződnek a Waldorf-iskola szervezeti felépítésében, melyek még mindig meghatározzák – számos helyi változat létezése mellett – minden Waldorf-iskola vezetésének szerkezetét.
Minden iskola a feladatok delegálásának elvén működik, amely során egyének és csoportok vállalnak felelősséget a vezetés és döntéshozatal bizonyos területein a közösen meghatározott célok figyelembevételével.
Minden Waldorf-iskola állampolgári kezdeményezésre jött létre, és nonprofit közhasznú alapítvány vagy egyesület formájában működik. Az iskola fenntartója az oktatást érintő napi kérdések intézését a tanári kollégiumra ruházza, amely rotációs alapon, rövid hivatali időre konferenciavezetőt jelöl ki tagjai közül. A tanári kollégium képviseli az iskola pedagógiai ethoszát, és együttesen vagy delegált képviselői által minden olyan területen felelősséggel tartozik, amely normál esetben az igazgató hatásköre volna.
Az iskola egészét érintő kérdésekben, pedagógiai, jogi, gazdasági téren, valamint a minőség ellenőrzésében a tanári kollégium szorosan együttműködik a fenntartóval. Az iskoláért, mint közintézményért a fenntartó vállal mindennemű felelősséget. Legfontosabb feladata, hogy megteremtse az oktatáshoz szükséges feltételeket. Ezek közé tartoznak a gazdasági és jogi ügyek rendezése, az épületek, a karbantartás, az adminisztráció, a dologi feltételek, az egészség és biztonság, a biztosítás stb. kérdései. Ugyanakkor elsősorban a tanári kollégium vállal felelősséget a tanításért, az oktatás területén végzett kutatási munkákért, a tanterv fejlesztéséért, a tanárok felvételéért és azok képzéséért, a gyermekek felvételéért, a tutori rendszer kiépítésért, az órarend kialakításáért, az ünnepek megtartásáért, és az iskola egész szellemi életéért.
Az iskolát az önkormányzattal, a helyi és az országos oktatásirányítással való kapcsolatban megbízott egyszemélyi felelős vezető képviseli.
A Waldorf-iskolákban rendkívül fontos a szülők és tanárok szoros együttműködése. A szülők különböző szinteken vesznek részt az iskola munkájában. Néhány szülő fenntartói szerepet is vállal, mások az iskolán belüli önkéntes képviselői csoportokhoz csatlakozhatnak, amelyek bizonyos területekért vállalnak felelősséget. Sok iskolában működik iskolaszék, vagy ennek megfelelő szervezet.
Az egyes Waldorf-iskolák szervezeti és működési szabályzatukban rögzítik intézményük szervezetének felépítését, melynek elkészítéséhez a Magyar Waldorf Szövetség ad iránymutatást.